（1）财政部会计司《关于〈关于深化增值税改革有关政策的公告〉适用〈增值税会计处理规定〉有关问题的解读》中规定：

生产、生活性服务业纳税人取得资产或接受劳务时，应当按照《增值税会计处理规定》的相关规定，对增值税相关业务进行会计处理；实际缴纳增值税时，按应纳税额借记“应交税费—未交增值税”等科目，按实际纳税金额贷记“银行存款”科目，按加计抵减的金额贷记“其他收益”科目。

因此，企业增值税加计抵减额应记入“其他收益”贷方，计入企业的利润总额。

（2）《国家税务总局关于修订企业所得税年度纳税申报表有关问题的公告》（国家税务总局公告2019年第41号）也明确了《企业所得税年度纳税申报表》主表的填报说明，其中规定：

主表中的“利润总额”包括“其他收益”。同时，增值税加计抵减额既不符合免税收入条件，也不符合不征税收入条件，应计入企业的应纳税所得额，计算缴纳企业所得税。

某企业2019年度增值税加计抵减额为136628.86元，但未计入企业所得税应纳税所得额。

该企业2019年度汇算清缴申报年应纳税所得额为2964842.04元，享受了小型微利企业所得税优惠，缴纳企业所得税1000000×5%+（2964842.04-1000000）×10%=246484.20（元）。

税务人员根据规定将136628.86元增值税加计抵减额计入会计利润总额后，该公司企业所得税应纳税所得额变为3101470.90元，超过了300万元的标准，不再符合小型微利企业条件。

不考虑高新技术企业、西部大开发等税收优惠政策，根据规定，该公司应缴纳企业所得税为775367.73元（3101470.90×25%），补缴企业所得税528883.53元（775367.73-246484.20），并缴纳了相应的滞纳金。